Quercus cerris populations from Central-Eastern Europe and Middle East (IBBR-QUERCUS-CERRIS)

Occurrence
Dernière version Publié par Consiglio Nazionale delle Ricerche, Istituto di Bioscienze e BioRisorse (CNR-IBBR) le févr. 18, 2025 Consiglio Nazionale delle Ricerche, Istituto di Bioscienze e BioRisorse (CNR-IBBR)

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Description

A total of 192 populations of Quercus cerris from the eastern Mediterranean Basin (Italy, Balkan peninsula, Anatolia) were genotyped with six polymorphic chloroplast microsatellites, and the genetic diversity and differentiation of the populations were evaluated. DNA samples are kept in collection at -20° C and available for research use only.

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 1 175 enregistrements.

2 tableurs de données d'extension existent également. Un enregistrement d'extension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre d'enregistrements dans chaque tableur de données d'extension est illustré ci-dessous.

Occurrence (noyau)
1175
Amplification 
7050
Preservation 
1175

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Bagnoli F, Spanu I, Avanzi C, Vendramin GG, Piotti A (2024). Quercus cerris populations from Central-Eastern Europe and Middle East (IBBR-QUERCUS-CERRIS). Institute of Biosciences and Bioresources (IBBR), National Research Council of Italy (CNR). Occurrence dataset v.1.2. - doi: https://doi.org/10.15468/qwefvq

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est Consiglio Nazionale delle Ricerche, Istituto di Bioscienze e BioRisorse (CNR-IBBR). Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : 3a80944e-06ce-4226-ac9f-052ff0dcbd97.  Consiglio Nazionale delle Ricerche, Istituto di Bioscienze e BioRisorse (CNR-IBBR) publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du DiSSCo.

Mots-clé

Occurrence; Specimen; Quercus cerris L.; Turkey oaks; Intraspecific biodiversity; Range-wide genetic variability; Forest tree populations

Données externes

Les données de la ressource sont disponibles dans d'autres formats

Contacts

Francesca Bagnoli
  • Créateur
  • Personne De Contact
  • Researcher
CNR-IBBR-FI, Institute of Biosciences and Bioresources (IBBR) - Section of Sesto Fiorentino, National Research Council of Italy
  • v. Madonna del Piano 10
I-50019 Sesto Fiorentino
FI
IT
Ilaria Spanu
  • Créateur
  • Researcher
CNR-IBBR-FI, Institute of Biosciences and Bioresources (IBBR) - Section of Sesto Fiorentino, National Research Council of Italy
  • v. Madonna del Piano 10
I-50019 Sesto Fiorentino
FI
IT
Camilla Avanzi
  • Créateur
  • Researcher
CNR-IBBR-FI, Institute of Biosciences and Bioresources (IBBR) - Section of Sesto Fiorentino, National Research Council of Italy
  • v. Madonna del Piano 10
I-50019 Sesto Fiorentino
FI
IT
Giovanni Giuseppe Vendramin
  • Créateur
  • Research Director
CNR-IBBR-FI, Institute of Biosciences and Bioresources (IBBR) - Section of Sesto Fiorentino, National Research Council of Italy
  • v. Madonna del Piano 10
I-50019 Sesto Fiorentino
FI
IT
Andrea Piotti
  • Créateur
  • Researcher
CNR-IBBR-FI, Institute of Biosciences and Bioresources (IBBR) - Section of Sesto Fiorentino, National Research Council of Italy
  • v. Madonna del Piano 10
I-50019 Sesto Fiorentino
FI
IT
Gabriele Bucci
  • Fournisseur Des Métadonnées
  • Senior Researcher
CNR-IBBR, Institute of Biosciences and BioResources, National Research Council of Italy
  • v. Madonna del Piano 10
I-50019 Sesto Fiorentino
FI
IT
Massimo Ianigro
  • Fournisseur Des Métadonnées
  • Senior Technologist
CNR-IRSA-BA, Water Research Institute (IRSA) - Section of Bari, National Research Council of Italy
  • v. F. De Blasio 5
I-70132 Bari
BA
IT
Institute of Biosciences and BioResources CNR-IBBR
  • Fournisseur De Contenu
  • Research Institute
National Research Council of Italy (CNR)
  • v. Madonna del Piano 10
I-50019 Sesto Fiorentino
FI
IT
Department of Bio-Agri-Food Sciences CNR-DiSBA
  • Publicateur
National Research Council of Italy
IT-00100 Roma
RM
IT

Couverture géographique

Central Europe, Eastern Europe, Balkan peninsula, Middle East (Italy, Hungary, Slovakia, Serbia, Turkey, Bulgaria, Macedonia, Albania, Croatia, Romania, Bosnia, Slovenia, Greece, Austria, Lebanon, Ukraine, Montenegro)

Enveloppe géographique Sud Ouest [33,783, 8,636], Nord Est [49,367, 37,4]

Couverture taxonomique

Quercus cerris L., Turkey oak

Kingdom Plantae
Phylum Tracheophyta
Class Magnoliopsida
Order Fagales
Family Fagaceae

Couverture temporelle

Epoque de formation 2014-2016

Données sur le projet

ITINERIS - Activity 6.5 "Mining and mapping the functional biodiversity in vivo and ex-situ research collections" - This activity aims to provide biodiversity (meta)data linked to Natural Science Collections (NSC) in terms of extended digital specimens fully linked to related information (e.g.. images and videos, codification of functional traits, DNA and protein sequences, environmental parameters, etc.). The expected outcome of the activity is the implementation of a national network of biological research collections, including all the existing in vivo and ex-situ collections of biological organisms (animals, plants, fungi, algae, archaea, bacteria, viruses, etc.) that have been created and maintained through past and current research projects. || BioMemory (CNR-DiSBA Project No. SAC.AD002.173) is the network of biological collections of the Department of Biology, Agriculture and Food Sciences (DiSBA) of the National Research Council of Italy (CNR) for bio-monitoring, biodiversity conservation, agri-food and environmental sustainability, and human well-being. The project aims to create a network of biobanks (i.e., scientific research collections) where data and metadata associated with biological samples of different natures are collected and stored in a systematic and well-organized way. Maintaining the existing collections will allow their future use for many purposes, from the genetic improvement of organisms to face environmental changes (climate-ready organisms) to the fight against epidemics and pandemics affecting humans, animals, and plants.

Titre ITINERIS - Italian Integrated Environmental Research Infrastructures System / BIOMEMORY
Identifiant PNRR Project IR0000032 | CNR SAC.AD002.173
Financement PNRR project IR0000032 - ITINERIS, Italian Integrated Environmental Research Infrastructures System - CUP B53C22002150006 (D.D. n. 130/2022) Funded by the EU - Next Generation EU - Mission 4 “Education and Research” - Component 2: “From research to business” - Investment 3.1: “Fund for the realisation of an integrated system of research and innovation infrastructures” || BioMemory (CNR-DiSBA Project No. SAC.AD002.173)
Project Award ITINERIS - Italian Integrated Environmental Research Infrastructures System
https://doi.org/10.13039/501100021856
Ministero dell'Università e della Ricerca
PNRR Project IR0000032
https://itineris.cnr.it

BioMemory Project (CNR-DiSBA)
https://doi.org/10.13039/501100004462
Consiglio Nazionale delle Ricerche
CNR-DiSBA no. SAC.AD002.173
https://www.disba.cnr.it/en/

Les personnes impliquées dans le projet:

Eleonora Fornaro
Gabriele Bucci
Marina Tumolo
  • Fournisseur Des Métadonnées
Massimo Ianigro
Giovanni Giuseppe Vendramin

Méthodes d'échantillonnage

Trees were randomly sampled from selected natural stands, with each population consisting of 42 to 50 individuals.

Etendue de l'étude Central and Eastern European populations of Quercus cerris L. have been considered, along with several populations from Turkey,

Description des étapes de la méthode:

  1. None

Données de collection

Nom de la collection DNA and samples for genetic analyses on forest trees (CNR-IBBR-DNAFOR)
Identifiant de collection 90a41989-9906-41d4-aff9-0dc8420c7a45
Méthode de conservation des spécimens Refrigerated

Citations bibliographiques

  1. Bagnoli, F., Tsuda, Y., Fineschi, S., Bruschi, P., Magri, D., Zhelev, P., Paule, L., Simeone, M.C., González-Martínez, S.C. and Vendramin, G.G. (2016), Combining molecular and fossil data to infer demographic history of Quercus cerris: insights on European eastern glacial refugia. J. Biogeogr., 43: 679-690. https://doi.org/10.1111/jbi.12673 https://doi.org/10.1111/jbi.12673
  2. Sebastiani, F., Carnevale, S. and Vendramin, G.G. (2004), A new set of mono- and dinucleotide chloroplast microsatellites in Fagaceae. Molecular Ecology Notes, 4: 259-261. https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2004.00635.x https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2004.00635.x

Métadonnées additionnelles

Population genetics, Infraspecific biodiversity, Phylogeography, Adaptation, Climate change

Objet

The dataset includes more than 1,100 records of cryopreserved DNA and tissue samples of several forest tree species collected during past and current national and EU projects. The aim is to investigate the genetic makeup of their populations and assess their infraspecific biodiversity across Europe, from the biogeographical to the local level.

Description de la fréquence de mise à jour Tissues and DNA are stored at -20 °C. Updates will be included when new samples are collected.
Identifiants alternatifs 3a80944e-06ce-4226-ac9f-052ff0dcbd97
https://ipt.ibbr.cnr.it/ipt/resource?r=ibbr-quercus-cerris